Rational scaffold design guided by atomic structure determination of Affibody molecule complexes
| Diarienummer | |
| Koordinator | Affibody AB |
| Bidrag från Vinnova | 495 356 kronor |
| Projektets löptid | augusti 2019 - januari 2021 |
| Status | Avslutat |
| Utlysning | Forskningsinfrastrukturer - nyttiggörande och samverkan |
| Ansökningsomgång | Industriella pilotprojekt för användning av neutron- och fotonbaserade tekniker vid storskalig forskningsinfrastruktur – våren 2019 |
| Slutrapport | 2019-02559_AffibodyAB.pdf(pdf, 362 kB) (In English) |
Viktiga resultat som projektet gav
De övergripande målen var att bedöma genomförbarheten och tidsbehovet för strukturbestämning och använda denna information för att utveckla metoder för att guida molekylär design av Affibodybaserade proteinläkemedel i allmänhet, med avseende på formatering, stabilitet och affinitet. Två delprojekt utfördes i syfte att bestämma en struktur av en eller två Affibodymolekyler i komplex med dess antigen. Utöver en högupplöst struktur av en Affibodymolekyl, erhöll Affibody värdefull insikt i processen för strukturbestämning genom samverkan med SARomics Biostructures.
Långsiktiga effekter som förväntas
Tre olika Affibodymolekyler och två olika antigen producerades framgångsrikt och karakteriserades med avseende på stabilitet och bindningskinetik. Proteinkomplex (di-eller tri-komplex) och enskilda proteiner sattes upp för kristallisering. Diffrakterande kristaller erhölls för ett antigen och en Affibodymolekyl, men inte av ett komplex. Strukturen för en enskild Affibodymolekyl löstes och förfinades till 1.45 Å upplösning. Denna högupplösta struktur kan användas som verktyg i rationell proteindesign för att vidareutveckla Affibody’s plattformsteknologi.
Upplägg och genomförande
Affibodymolekyler och antigen uttrycktes rekombinant och renades. Affibodymolekyler karakteriserades med CD-spektroskopi och bindning till respektive antigen analyserades med SPR. Antigen:Affibodymolekyl-komplex renades med SEC. Komplex, antigen- och Affibodymolekyler analyserades med DSF innan kristalliseringsförsök sattes upp. Erhållna kristaller analyserades vid strålröret BioMAX vid MAX IV och vid station I04, Diamond Light Source, Storbritannien.