Improved information output from shotgun proteomics by high resolution peptide isoelectric focusing

Diarienummer 2011-01332
Koordinator Karolinska Institutet - Institutionen för onkologi-patologi
Bidrag från Vinnova 1 794 000 kronor
Projektets löptid december 2011 - december 2018
Status Beslutat

Syfte och mål

Detta projekt syftar till att öka antalet korrekt kvantifierade proteiner i humana prover. Det kommer vi att göra genom att utveckla och förbättra metoder för isoelektrisk fokusering före masspektrometrianalys av patientprover. Det kommer att förbättra chanserna att hitta biomarkörer; till exempel ett protein som när det förekommer i en viss koncentration i blodet indikerar vilken behandling som kommer att fungera bäst på en cancerpatient. Detta kommer i förlängningen att ge en bättre cancervård.

Förväntade effekter och resultat

Vi kommer att utveckla och optimera tekniken för högupplösande isoelektrisk fokusering för fraktionering av peptider före masspektrometribaserad proteomikanalys. Vi kommer samtidigt att utveckla metoder in silico för prediktion av isoelektrisk punkt (pI) för tryptiska peptider från humana proteiner. Genom att veta peptidernas pI kommer vi att kunna göra en säkrare peptididentifiering som leder till en säkrare proteinidentifiering och kvantifiering. Detta kommer att öka chanserna att hitta biomarkörer.

Planerat upplägg och genomförande

Projektet kommer att ledas av Dr Jenny Forshed från gruppen för Klinisk proteomik och Masspektrometri på Karolinska Institutet i samarbete med GE Healthcare i Uppsala. Prototyper för både isoelektrisk fokusering och in silico prediktion av pI för tryptiska peptider finns redan. Dr Forshed kommer att driva utvecklingen av teknik och algoritmer för detta för att förbättra den kvantitativa bestämningen av proteiner i humana prover. Detta kommer att valideras genom analys av kliniska prover.

Texten på denna sida har projektgruppen själv formulerat och innehållet är ej granskat av våra redaktörer.