Utveckling av en beräkningskemisk modell för kovalenta inhibitorer av STAT3

Syfte och mål

Syfte och mål med projektet vara att skapa en datormodell över hur en naturprodukt, galiellalactone, binder till ett proteinet STAT3. Den beräkningskemiska modellen skulle kunna förklara hur galiellalactone och substanser baserade på galiellalactone binder och interagerar med STAT3 för att sedan användas till att designa och optimera nya substanser och även hitta nya substansklasser. I förlängningen skulle detta kunna leda till nya cancer läkemedel då STAT3 är kopplat till tillväxt av cancerceller.

Resultat och förväntade effekter

En datormodell som förklarar hur galiellalactone binder till STAT3 kunde inte genereras. Projektet visade på svårigheterna med att göra datormodeller av substanser som binder kovalent och belyser tydligt att alternativa och komplementära metoder krävs för denna substanstyp. Men en virtuell screen mot STAT3 kunde genomföras där två nya inbindningsställen kunde identifieras och flera intressanta molekyler hittades som träffar.

Upplägg och genomförande

Projektet utnyttjade all tillgänglig information om STAT3 och STAT3 bindande molekyler. Upplägget möjliggjorde att den virtuella screenen kunde genomföras oberoende av en modell som förklarade inbindning av galiellalactone. Flera olika mjukvaror utprovades och en intensiv kontakt mellan beräkningskemisterna och läkemedelskemisterna gjorde att problem och frågeställningar kunde belysas från olika synvinklar. En fortsättning med data på substanser från den virtuella screenen och en proteinstruktur med galiellalactone bundet till STAT3 skulle vara mycket produktiv.