Eurostarsprojekt E!10942 DNANext Uppsala Universitet

Diarienummer 2017-00982
Koordinator Uppsala universitet - Inst Immunologi, Genetik patologi
Bidrag från Vinnova 1 410 490 kronor
Projektets löptid mars 2017 - mars 2019
Status Pågående
Utlysning Eurostars 2 medfinansiering

Syfte och mål

Riktad sekvensering av DNA gör det möjligt att besvara biologiska eller kliniska frågeställningar på ett enkelt och kostnadseffektivt sätt, genom att endast fokusera på de gener som är relevanta för en specifik sjukdom. Inom detta projekt utvecklar vi en ny högkvalitativ metod för riktad anrikning och sekvensering av långa DNA-molekyler. Nyttan med systemet ska utvärderas på ett antal viktiga kliniska applikationer inom diagnostik av cancer- och infektionssjukdomar.

Förväntade effekter och resultat

Projektet ska leverera en komplett produkt som är redo för kommersiell lansering. Denna produkt består av ett avancerat mikrofluidik-system samt alla reagenser som behövs för att utföra riktad anrikning av DNA. Arbetsflödet ska integreras med teknologier som finns tillgängliga hos SciLifeLab/Uppsala Universitet för sekvensering av långa DNA-molekyler. Projektet kommer resultera i nya lab-protokoll samt metoder för dataanalys som är direkt användbara för att studera kliniskt relevanta gener.

Planerat upplägg och genomförande

Följande aktiviteter har planerats inom projektet: i) utveckling av ett laborativt protokoll för riktad anrikning och sekvensering av långa DNA molekyler ii) nya beräkningsmetoder för kvalitetskontroll och dataanalys iii) validering av anrikningsmetoden för diagnostik av cancerprover, genom att tex studera genen TP53 iv) utveckling av en ny metod för sekvensering av kompletta RNA-molekyler från virusinfektioner som tex hepatit C (HCV). Vår ambition är att publicera alla resultat i vetenskapliga tidskrifter.

Texten på denna sida har projektgruppen själv formulerat och innehållet är ej granskat av våra redaktörer.