EUREKA projekt E! 6875 APB-platform Denator

Syfte och mål

Förekomst av sjukdomsspecifik enzymatisk aktivitet har undersökts i prover från Barretts syndrom-patienter i olika utvecklingsstadier av cancer. Utvecklingen av nedbrytningen över tid har kartlagts mha Stabilizor systemet & masspektrometri. Utifrån den nedbrytning som detekterats har syntetiska peptider innehållande relevanta klyvningsställen framställts. Nedbrytningen av dessa peptider har följts vid olika tidpunkter & ett stort antal fragment bildats med olika profiler. Arbete kvarstår för att säkert, utifrån nedbrytningsprofilerna, bestämma sjukdomsstadium.

Resultat och förväntade effekter

Inom projektet har vi utvecklat ett system baserat på Stabilizor systemet, syntetiska peptider samt massspektrometrisk analys för att studera sjukdoms specifika proteinnedbrytningsmönster. Ett antal peptider med Barrets syndrom-relaterade klyvningsställen har syntetiserats och testats i extrakt från kliniska prover. Den temporala nedbrytningsprofilen för peptiderna har analyserats och använts för att försöka klassificera de kliniska proverna. Dock har den prediktiva kraften i klassificeringen ej varit fullt ut framgångsrik utan arbete kvarstår.

Upplägg och genomförande

Projektet har varit uppdelat i totalt 10 st arbetspaket där många har exekverats sekventiellt. I flera av arbetspaketen har det krävs flera iterationer för att prototyper och metoder ska mogna och fungera tillfredställande. I och med den förlängning på 6 månader som projektet fick blev det möjligt att verifikationstesta hela det tänkta systemet med syntetiska peptider och nytt värmestabiliseringssystem på kliniska prover. Dock krävs ytterligare försök för att säkerställa att helheten reproducerbart fungerar som det är tänkt även om den kan sägas vara proof-of-concept testad.