CETSA-baserade toxikologiprofiler - ett nytt sätt att identifiera oönskade effekter i läkemedelsprojekt

Syfte och mål

Målet med detta pilotprojekt var att lägga grunden till en databas med proteinbaserade toxikologimarkörer utifrån kända toxiska substanser. Denna databas ska sedan utökas och ingå i Pelago Biosciences tjänsteerbjudande. Vi har under projektets gång optimerat våra processer och det sätt på vilket vi samlar data vilket resulterat i att vi kunnat profilera långt många fler substanser än vi trodde då ansökan utformades. Vi har nu en kontinuerligt växande databas, i dagsläget 200 substanser, som vi kan använda för att jämföra och förklara kunders data.

Resultat och förväntade effekter

I vår ursprungliga ansökan ville vi profilera 10 substanser, men det står dock klart efter att projektet slutförts att det antalet substanser skulle ha relativt begränsad nytta. När vi nu har data på 200 substanser kan vi applicera mer avancerade statistiska metoder med hjälp av artificiell intelligens för att hitta mönster. Vartefter databasen växer hoppas vi således kunna gå från en renodlad jämförelse av molekylära profiler till en mer förfinad prediktering av molekylers cellulära och kliniska effekter. Projektet har utöver detta resulterat i en vetenskaplig artikel.

Upplägg och genomförande

Projektet hade sex arbetspaket, där datainsamling gick parallellt med både analys och urval av nya substanser att lägga till listan. Vi gjorde en grundlig initial profilering av 12 föreningar för att kunna svara på om data från vårt slutliga format skulle erbjuda ungefär samma detaljrikedom. Med hjälp av denna förstudie kunde vi gå vidare till dataproduktion och kvalitetsanalys. Den första stora analysen där samtliga föreningar jämförs med varandra gjordes ungefär halvvägs in i projektet och gjorde att vi fortsatte oförändrat. Marknads och patentanalys har gjorts löpande.