Att förstå oordnade proteiner - en kombinerad neutronspektroskopi och datorsimuleringsstudie

Viktiga resultat som projektet gav

Syftet med projektet var att med hjälp av neutronspektroskopi och datorsimuleringar studera dynamik hos oordnade proteiner. Doktoranden har fått en god erfarenhet kring processen vid neutronmätningar, såsom erfarenheter av att skriva ansökningar för neutrontid, förbereda prover och vara delaktig vid mätningar "remote". Vidare så har doktoranden fått en god kunskap kring tolkning av neutronspridningsdata, där bekantskap med relevant mjukvara har gjorts. Målet om kunskapsöverföring har därmed uppfyllts.

Långsiktiga effekter som förväntas

Effekten av proteinkoncentration på mass-centrum dynamik har studerats. Vid lägre koncentrationer har jämförelser med atomistiska simuleringar utförts, där både standard singel-kedjesystem och mer experimentlika koncentrerade system simulerats, där det tydliggjorts att för dynamik är det av vikt att simulera mer experimentlika förhållanden. Temperatureffekter har också undersökts, där lösningsmedelskvalitén visade sig ha en stor betydelse men kan inte förklara hela effekten. Resultaten har presenterats på vetenskapliga konferens och mottagits med stort intresse.

Upplägg och genomförande

I denna studie har fokus varit på hela processen, från att ansöka om neutrontid, att förstå sig på provberedning och konsekvenser av denna, till mätningar, analys av resultat samt kompletterande simuleringar för att i molekylär detalj förstå den underliggande fysiken. Doktoranden har också utvecklat egen mjukvara för analys av resultat.