3D determination of synthetic peptide constructs in cancer vaccine development

Viktiga resultat som projektet gav

Doktoranden introducerades till SAXS-tekniken med synkrotron för att lära sig tekniken som sådan, men också de möjligheter som tekniken medför i form av strukturrelaterad information med hjälp av olika längdskalor i komplexa konstruktioner bestående av konjugat mellan de flesta biologiskt aktiva enheter såsom oligonukleotider, peptider och antikroppar. Konstruktioner har mätts vid CoSAXS (MAX IV) och P21 (Petra III, Hamburg). Värdefull information har erhållits och slutsatsen visar de kommande utmaningarna med ON-peptidbaserade konjugat.

Långsiktiga effekter som förväntas

Doktoranden har syntetiserat flera oligonukleotid-peptid konjugat inklusive syntes av oligonukleotider samt hittat lämpliga reaktions-, karakteriserings- och reningsvillkor för generering av de slutliga konstruktionerna. Den största utmaningen var att hitta förhållanden som löser upp konstruktionerna i olika vattenbaserade lösningsmedelskompositioner inklusive vid synkrotronmätning. Doktoranden har deltagit personligen när mätningarna skett på CoSAXS MAX IV och utvärderat resultaten tillsammans med RISE-kollega med expertis inom tekniken.

Upplägg och genomförande

Inledningsvis planerades synteser av minst två typer av ON-peptidkonjugat. Varje sekvens av biomolekyler (peptider och oligonukleotider) valdes enligt en specifik uppgift i ett hypotetiskt läkemedelsscenario. Oväntat blev lösligheten hos startmaterial och slutkonstruktioner en av huvudfrågorna eftersom en homogen lösning i den nödvändiga bufferten i CoSAXS mätningen behövdes. Att hitta lämpliga förutsättningar för beredning, rening och karakterisering av konstruktionerna före mätningen var mycket problematiskt.