E!12955 NGISS, Next Generation In Situ Sequencing, CARTANA AB och SU
| Diarienummer | |
| Koordinator | CartaNA AB |
| Bidrag från Vinnova | 1 840 502 kronor |
| Projektets löptid | april 2019 - mars 2022 |
| Status | Avslutat |
| Utlysning | Eurostars – för forskande små och medelstora företag |
Viktiga resultat som projektet gav
In-situ sekvensering (ISS) är en avancerad teknik för analys av vävnadsprover som kan hjälpa forskare att förstå olika mänskliga sjukdomar. I detta projekt planerade vi att utveckla Nästa Generations ISS (NGISS) mot ett komplett paket av integrerad hård- och mjukvara samt reagens som kunde förbättra och förenkla användandet av ISS i många laboratorier, core faciliteter, och i läkemedelsbolag. Som en effekt av det globala intresset för ISS förvärvades Cartana i augusti 2020 av 10x Genomics Inc, vilket medförde att projektet avbröts.
Långsiktiga effekter som förväntas
Projektet resulterade i förbättrade versioner av de laborativa stegen för ISS både i provförberedelse och sekvensering. Den nya metoden tillät fler vävnadstyper och högre känslighet samt även FFPE-prover, vilket den gamla inte gjorde lika bra. Sekvenseringen förenklades där de enzymatiska stegen eliminerades vilket var fördelaktigt för automatiseringen. De nya metoderna fungerade också enligt plan i den version av hård- och mjukvara som utvecklats av Lunaphore.
Upplägg och genomförande
Den nya provförberedande metoden ändrades till att identifiera RNA i vävnaden (till skillnad från tidigare cDNA) och genom omfattande optimeringar tillät det ökad känslighet och att fler vävnadstyper, inklusive FFPE, kunde analyseras. Sekvenseringen omarbetades till hybridiseringsbaserad (till skillnad från tidigare ligeringsbaserad) vilket lämpade sig bättre för automatisering och produktion av reagens. De nya metoderna utvärderades på olika vävnader med flera paneler av gener för att demonstera känslighet och specificitet.