Development of a high-capacity platform for genetic testing of crop and agricultural produce

Viktiga resultat som projektet gav

Aplex Bio´s syfte med detta projekt var utvärdera om Hyperplex PCR (hpPCR) kan användas inom området jordbruk- och grödor, samt hur en expansion av Aplex Bio’s produktutbud kan ske för att närma sig denna marknad. Det första målet var en preliminär förståelse av generella behov och vilka metoder som används, medan det andra målet var att utveckla ett pilotkoncept att testa på jordbruksrelaterade prover. Från denna studie skulle sedan en specifik hpPCR-metod kunna anpassas till vad som generellt efterfrågas inom sektorn.

Långsiktiga effekter som förväntas

Det koncept för hpPCR som utvecklats testades på mRNA-prover från vete med 20 genetiska varianter (20-plex) i samma prov, vilket reducerade studiens teoretiska 480 RT-qPCR-reaktioner till 24 parallella hpPCR-reaktioner. Resultaten visade en för metoden statistiskt signifikant effekt på genexpression hos plantor som utsatts för extern stress. Framtida versioner med till exempel färdiga paneler mot olika användningsområden kan därmed utvärderas i kombination med specifika reagenskit mot jordbruks- och livsmedelsområdet.

Upplägg och genomförande

Olika intressenter inom jordbruk och livsmedel bidrog till en preliminär kravbild på vad AplexBio’s hpPCR metod behöver uppvisa. För att möta dessa vidareutvecklades hpPCR till en 20-plexversion med fokus på specificitet och dynamiskt omfång. Konceptet testades på prover tillsammans med ett svenskt universitet. Resultaten demonstrerade både hur hpPCR kan skalas till högre multiplexitet och samtidigt behålla dynamiskt omfång inom detta område.