Robusta biomarkörer för prediktion av risk och sjukdom

Viktiga resultat som projektet gav

Målet med projektet är att underlätta storskalig analys av befolkningsbaserade biobanker för att främja forskning inom precisionsmedicin. Fem av de största kommersiella plattformarna för storskalig analys av proteiner och metaboliter i blod utvärderades och utmanades vad gäller täckning, överlapp samt hantering av analys av prover över tid. Projektet har sammanfattats i en öppen rapport som finns tillgänglig på DiVA portalen (http://umu.diva-portal.org/smash/record.jsf?pid=diva2%3A1713751&dswid=1444).

Långsiktiga effekter som förväntas

Projektet visar att proteinplattformarna är starkt överlappande, har samma proteiner, medan metabolitplattformarna är komplementära. De kvantitativa metoderna är stabilare än de semikvantitativa som lider av batch-effekter. Undantaget verkar vara Somalogic som genererar förvånansvärt stabila semikvantitativa resultat. Föredragen strsategi för att hantera batch-effekter är att analysera prover randomiserat. Ett alternativ är att nyttja bryggningsprov och att systematiskt analysera prover uppdelat i omgångar. Projektet ger ökad kunskap hur man ska lägga upp projekt.

Upplägg och genomförande

Det finns ett ökat intresse i Sverige och världen för att omvandla bankade blodprover till lättillgänglig, återbrukbara data. Vi begärde ut och skickade upprepat samma sätt av biobanksprover till fem av de största kommersiella plattformarna för protein och metabolit analys för att utvärdera hur man bäst skapar dessa data. Resultatet är till nytta för planering av framtida studier. Ledtiderna för åtkomst av prover och analys är lång, och därför är värdet av robusta databanker som ger många forskare möjlighet att använda data för olika frågeställningar stort.