AFISmon: Utveckling av ett automatiskt provtagningssystem för monitoring av biogeokemiska processer
| Diarienummer | |
| Koordinator | KUNGLIGA TEKNISKA HÖGSKOLAN - Science for Life Laboratory |
| Bidrag från Vinnova | 438 634 kronor |
| Projektets löptid | januari 2014 - mars 2017 |
| Status | Avslutat |
Syfte och mål
Mikroorganismer är de drivande katalysatorerna för biogeokemiska kretslopp i havet. Med metatranskriptomik - analys av mRNA i mikrobiella samhällen - kan man utläsa vilka biogeokemiska processer som är aktiva i ett havsvatten-prov. Dock bryts transkripten snabbt ned vilket försvårar analyserna. Projektet syftar till att utveckla en automatisk vattenprovtagare som kemiskt konserverar mRNA i provet då detta tas. Provtagaren kan sitta på t.ex. en boj och konserverar provet i ett antal dagar för senare upphämtning. Protokoll har också optimerats för optimal provkonservering.
Resultat och förväntade effekter
Vi har lyckat utveckla en väl fungerade prototyp för autonom vatten-provtagning som konserverar mRNA i provet vid provtagnings-tillfället.
Upplägg och genomförande
Protokoll för optimal konservering av mRNA har utvärderats på artificiella såväl som på riktiga mikrobiella samhällen (havsvatten-prover) genom att analysera kvalitet och kvantitet av mRNA efter konservering och genom att jämföra metatranskriptom-profilen före och efter mRNA konservering.